Le LIPME a comme champ de recherche prioritaire les interactions entre les plantes et les micro-organismes symbiotiques ou pathogènes, par des études concertées des partenaires microbiens et végétaux.
Ces recherches sont réalisées sur un petit nombre d’espèces modèles (Arabidopsis thaliana, Medicago truncatula), mais aussi sur des modèles d’intérêt agronomique tels le tournesol ou la tomate.
Ces études permettent d'aborder des questions biologiques centrales, relatives aux déterminants du pouvoir pathogène et symbiotique, aux mécanismes infectieux, aux processus de signalisation inter- et intra-organismes, aux programmes de développement, au contrôle de l'expression génique ou enfin aux mécanismes d'adaptation métabolique. L'organisation des génomes bactériens et végétaux est aussi une problématique abordée, par les approches de la bioinformatique et de la génomique.
D'autres axes de recherche concernent la compréhension des processus d’évolution et d’adaptation des organismes, en posant notamment les questions de la relation entre mutualisme et pathogénèse et de spécificité d’hôtes.
Le LIPME aborde donc des problématiques qui ont un impact fort sur l'agriculture et l'environnement. Ses recherches ouvrent comme perspective finalisée l'émergence de nouveaux concepts et outils de lutte contre les bioagresseurs. Les interactions symbiotiques jouent un rôle essentiel dans la nutrition minérale des légumineuses, dont on redécouvre aujourd'hui les multiples intérêts sur le plan agronomique, économique, environnemental et nutritionnel.
Les étudiants qui réalisent une thèse au LIPME sont rattachés à l'école doctorale Sciences écologiques, vétérinaires, agronomiques et bioingénieries -
Sevab.
Le laboratoire est également impliqué dans le Master du parcours Microbiologie agro bio-sciences.
Le laboratoire est doté de 3 plateformes :
- plateforme informatique et bio-informatique ;
- plateforme production et expérimentation végétales ;
- Toulouse plant-microbe phenotyping.