Master parcours Bioinformatique et biologie des systèmes (BBS)

Ce parcours de master comprend deux années proposant une solide formation disciplinaire en Bioinformatique et en Biologie des Systèmes. L'accent est mis sur le traitement et l'intégration des différents types de données Omics, et la modélisation mathématique des réseaux de gènes pour étudier in silico le comportement dynamique du système biologique.

La première année (M1) correspond à une formation de 60 ECTS, construite sur un ensemble commun d'UE permettant au premier semestre d'acquérir les fondements disciplinaires en informatique, mathématiques et bioinformatique. Suivant l'origine des étudiant.e.s, Biologie ou Informatique, une UE au choix leurs permet d'acquérir les bases de l'autre discipline.
Le second semestre propose des UE d'approfondissement en programmation et en bioinformatique pour le traitement des données issues des approches à haut débit, l'extraction de connaissances à partir de grands jeux de données et l'initiation aux analyses d'évolution moléculaire. Deux UE au choix parmi 3 permettent d'acquérir un complément de formation soit en modélisation moléculaire, soit en statistiques multivariées.
Deux UE de langues vivantes sont proposées l'une au S1 et l'autre au S2.
Une UE de projet tuteuré est proposée au S2 étant donné l'absence de stage obligatoire en M1 due à la nécessité de renforcer les compétences disciplinaires. Les étudiant.e.s sont, cependant, fortement encouragés à effectuer un stage en fin d'année universitaire.

La deuxième année (M2) comprend une formation théorique (semestre 3, 30 ECTS) s'articulant autour de 8 UE dont la pédagogie fait appel le plus largement possible au travail en autonomie et/ou en groupe et s'appuie sur l'analyse des processus d'acquisition des connaissances scientifiques, des ateliers pratiques et la réalisation de projets. Deux UE portent sur la gestion de données biologiques complexes et une sur une introduction aux approches d'IA. Une UE aborde l'étude de la relation entre évolution des génomes et adaptation à des environnements différents. Deux UE d'initiation à la biologie des systèmes sont organisées sous forme d'ateliers consacrés à différentes problématiques scientifiques d'actualité, abordant, d'une part, les traitements d'intégration des données obtenus par différentes approches à haut débit pour caractériser le système, et d'autre part, les approches de modélisation mathématique pour mieux comprendre son comportement dynamique. La rigueur et la démarche scientifique requises pour réaliser la synthèse de travaux scientifiques et leur présentation sont abordées dans l'UE communication scientifique. Finalement, une UE aborde le développement des compétences transversales nécessaires à une insertion professionnelle réussie.
La formation pratique (S4) consiste en un stage de 6 mois soit en milieu académique, soit en entreprise, en France ou à l'étranger. Il est validé par un rapport écrit et une soutenance orale en fin d'année.

A l'issue du master, l'étudiant.e diplômé.e aura acquis :

• les connaissances en programmation et gestion des données pour accompagner des projets en biologie.
• les connaissances en traitements mathématiques des grands jeux de données pour en extraire les informations pertinentes.
• les démarches pour dégager, à partir de différentes sources de données hétérogènes , les relations entre objets dans le but d'inférer des réseaux biologiques.
• les méthodes de modélisation dynamique des réseaux biologique s pour analyser in silico leur comportement.
• des connaissances pratiques par la réalisation de nombreux projets individuels et collectifs en plus d'un socle solide de connaissances théoriques.
• l' autonomie nécessaire pour conceptualiser les problèmes liés à l'analyse des données biologiques et pour mettre en place et/ou développer les réponses méthodologiques adaptées pour résoudre la question biologique posée.

A l'issue de ce parcours de master, les étudiant.e.s peuvent poursuivre en Doctorat :

• au sein de L'Ecole Doctorale Biologie - Santé - Biotechnologies (BSB) dans la spécialité « Bioinformatique, génomique et Biologie des Systèmes »
• au sein de l'Ecole Doctorale Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingénieries (SEVAB)

A l'issue de ce master, les étudiant.e.s peuvent poursuivre en Doctorat dans une autre université en France ou à l'étranger

L'évolution rapide des technologies dans le domaine des sciences de la vie et la généralisation de ces approches globales dans l'analyse du vivant génèrent dans les laboratoires publics et privés une demande accrue de jeunes cadres possédant des compétences pluridisciplinaires en biologie-informatique-mathématique et pouvant de plus jouer un rôle d'interface au sein de ces laboratoires.
Les débouchés professionnels se situent donc dans les secteurs d'activités privées ou publiques faisant appel aux traitements informatiques et mathématiques des données biologiques, notamment en agroalimentaire, pharmacologie, environnement et santé.

Les secteurs d'activités concernés sont larges :

• sociétés innovantes (« Start-Up ») de biotechnologies
• industries pharmaceutiques et cosmétiques
• firmes semencières, entreprises tournées vers les biotechnologies végétales
• Industrie agroalimentaire
• organismes de Santé Publique et de l'Environnement
• plateformes technologiques des Génopoles
• laboratoires de recherche